После известной встречи Высшего Руководства Русской Церкви со Сталиным 4 сентября 1943г. открылась, наконец, возможность созыва Собора для выборов Патриарха.

Архиерейский Собор состоялся 8 сентября 1943г. в новом здании Патриархии в Чистом переулке в Москве. В его работе приняло участие 19 архиереев - все, кто к этому времени находился на кафедрах на неокупированных территориях. Главный вопрос повестки дня - выборы Патриарха.

Предвыборная процедура была краткой. Приведем ее полностью:

Ленинградский митрополит Алексий выступил со следующим предложением: "Уже давно среди нас, епископов, зрел вопрос о том, что необходимо довершить строительство церковное настоящим возглавлением нашей Православной Русской Церкви Святейшим Патриархом. Владыка митрополит Сергий в течение 17 лет фактически несет обязанности Патриарха. В настоящее время мы здесь собрались Собором епископов, чтобы избрать Святейшего Патриарха. Я думаю, что этот вопрос бесконечно облегчается для нас тем, что у нас имеется уже носитель патриарших полномочий, поэтому я полагаю, что избрание со всеми подробностями, которые обычно сопровождают его, для нас является как будто ненужным. Я считаю, что никто из нас, епископов, не мыслит себе другого кандидата, кроме того, который положил столько трудов для Церкви в звании Патриаршего Местоблюстителя. Думаю, что все преосвященные будут со мной согласны. У нас уже имеется определенный, единственный кандидат на патриаршее место".

Обращение митрополита Алексия было встречено на Соборе всеобщим одобрением, как единодушное мнение всех участников Собора.

Так состоялось избрание на патриаршество митрополита Сергия.

12 сентября 1943 года произошла интронизация нового Патриарха. По окончании литургии новоизбранный Патриарх Сергий в своем выступлении сказал: "В моем положении по внешности как будто ничего не изменилось с получением патриаршего сана. Фактически я уже в течение семнадцати лет несу обязанности Патриарха. Это так кажется только по внешности, а на самом деле это далеко не так. В звании Патриаршего Местоблюстителя я чувствовал себя временным и не так сильно опасался за возможные ошибки. Будет, думал я, избран Патриарх, он и исправит все допущенные ошибки. Теперь же, когда я облечен высоким званием Патриарха, уже нельзя говорить о том, что кто-то другой исправит ошибки и сделает недоделанное, а нужно самому поступать безошибочно, по Божьей правде, и вести людей к вечному спасению. Но где же взять силы? Я обращаюсь с просьбой ко всем собравшимся архипастырям и верующему народу усилить молитвы за меня для того, чтобы молитвенным предстательством всего народа утвердить дело церковного управления и чтобы я, опираясь на молитвы всей Русской Церкви, твердо вел вверенную мне Богом паству к вечному спасению".

Новоизбранный Патриарх направил Известительные грамоты Восточным Патриархам: Константинопольскому, Александрийскому, Антиохийскому и Иерусалимскому. В ответ были получены Приветственные Грамоты, означающие признание Вселенским Православием избрание Патриарха Русской Православной Церкви Сергия. (1 - стр.734)

Постановлением Совета Народных Комиссаров №993 об организации Совета по делам Русской Православной Церкви от 14.09.1943г. (1 - стр.739) Советское государство фактически признавало Русскую Церковь со всей ее иерархической структурой.

Однако, патриаршество Сергия было недолгим. 15 мая 1944г. Святейший Патриарх Сергий скончался.